데이빗 핀처 감독으로서는 슬럼프에 빠졌다는 평을 들었지만 흥행에는 성공을 거뒀다. 다른 생명체를 파괴하며 살아가는 우주생명체의 공포와 이에 홀로 대항하는 여전사 리플리의 처절한 싸움이, 이번에는 유형지 혹성에서 펼쳐진다. 리플리(시고니 위버 분)와 2명의 생존가 잠들어있는 타임 캡술은 지구로 귀환 중이다. 하지만 이미 에이리언이 침입하게 되어 화재가 나자 우주선은 리플리를 포함한 생존자들은 구명선(Eev Unit 2650)에 태워져 근처에 있는 광석 제련 설비를 갖춘 Y-염색체 이상범죄자 수용소인 피오리나 161 혹성(Fiorina 'Fury' 161)에 비상 착륙시킨다. 하지만 리플리만 살아남고 작동 불가되어있는 휴머노이드(Synthetic Humanoid) 비숍(Bishop 341-B) 외에, 뉴트와 드웨인 힉스 상병(Cpl.Dwayne Hicks)은 이때 죽고 만다. 그 혹성에는 웨이랜드-유타니 노동 교도소 161(Weyland-Yutani Work Prison Fury 161)이라는 범죄자들의 유배지로 사용되는데, 에이리언에 의해 그곳에 살고 있는 개의 몸에서 새끼가 부화된다. 마치 들짐승 같이 행동하는 흉칙한 에이리언에 의해 수용인들이 하나 둘 죽어가고, 결국 이 혹성에 숨어 있다는 것을 알게 된 리플리는 유배되어 있는 25명의 범죄자들과 같이 이 괴물을 잡기로 한다. 다만 이 유배지는 감옥이기 때문에 무기가 없어 감옥의 지리를 이용하여 여러 명의 희생자를 내며 괴물 잡기에 열중한다. 그런데, 리플리는 타임 캡술을 타고 오는 동안 에일리언이 자다. 그것은 이미 폐기된 로보트 비숍을 전원을 연결, 억지로 회생시키는 장면인데, 코드를 뽑아 내면서 시고니 웨버가 비숍의 얼굴을 뜯어내 버린다. 혐오스럽다는 것이 삭제 이유이다.

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