행복하고 아름다운 웬디의 집. 그곳엔 상냥한 어머니와 듬직한 아버지, 귀여운 동생 존과 마이클, 그리고 온순한 개 나나가 살고 있다. 별이 밝게 빛나던 어느날 밤, 어머니와 아버지가 파티에 간 사이, 웬디의 집에는 너무나도 신비한 일이 벌어진다. 바로 꿈의 섬에서 고아들과 함께 살고 있다는 피터팬이 찾아온 것이다.



피터팬은 얼마 전 웬디의 방 창문을 기웃거리다가 나나에게 빼앗긴 그림자를 찾으러 온 것이었다. 남몰래 숨어들어 그림자를 찾아내려 했지만, 요리조리 도망치는 그림자를 잡으려다 오히려 웬디에게 들키고 만다. 이야기 속의 주인공인줄만 알았던 피터팬을 실제로 만난 웬디의 기쁨은 이만저만이 아니었다. 게다가 늘상 피터팬과 후크 선장 놀이를 하던 두 동생 존과 마이클도 피터팬을 만나자 뛸 듯이 기뻐했다. 피터팬의 그림자를 꿰매어준 인연으로, 피터와 웬디, 존, 그리고 마이클 모두는 부푼 가슴을 안고 꿈의 섬을 향해 날아가게 된다.



한편, 꿈의 섬에서는 피터팬을 잡지 못해 안달이 난 후크 선장의 음모가 진행되고 있었다. 후크 선장은 지난날 피터팬과 싸우다가 시계를 찬 한쪽 손을 잃었는데, 근처에 있던 악어가 그 손을 낼름 집어먹고서는 그 살이 너무나 맛있었는지, 언제나 후크 선장의 꽁무니만 졸졸 따라다니는 것이었다. 째깍째깍....



시계소리를 내면서. 그 후로 후크 선장은 악어를 제일 두려워하게 되었고, 그만큼 피터팬에 대한 증오심도 불타올랐다. 피터팬을 잡기 위한 후크 선장의 계획은 이러했다. 즉, 피터팬이 살고 있는 숲 속의 인디언 추장 딸을 납치하고 그들을 협박해서 피터팬과 고아들의 보금자리를 알아내어, 그곳을 습격하는 것.



하지만, 때맞춰 나타난 피터팬은 후크 선장과 그의 해적들을 신나게 골탕먹이고는 추장의 딸 타이거 릴리를 구출해서 달아난다. 인디언 추장은 몹시 기뻐하며 피터팬과 고아들을 위해 한바탕 신나는 잔치를 벌인다.



하지만, 웬디는 계속 심부름만 시키는 통에 인디언의 잔치가 전혀 즐겁지 않았다. 게다가 섬의 예쁜 인어들과 요정 팅커벨이 심술을 부리는 바람에 이제 그만 집으로 가고 싶어졌다. 그렇지만, 어느새 팅커벨을 꼬드겨 피터팬이 있는 곳을 알아낸 후크선장과 해적들은 그들의 앞을 막아서고, 고아들 뿐 아니라, 웬디와 두 동생까지 모두 잡아간다.