고등학생 탐정 지미가 레이첼과 놀이공원에 갔다가 악당에 의해 어린 소년이 된다.
아가사 박사는 악당에게 알려질까봐 지미를 당분간 어린 소년 코난이라 고 하고 리차드의 집에 묵게 한다. 그런 코난은 리차드 탐정을 따라다니며 리차드를 도와주게 되고 리차드는 유명 인물이 된다. 그런 것을 모르는 레이첼은 보이지 않는 지미를 그리워하게 되고 코난은 지미가 바쁘다고 말한다.
그러던 중 화재와 폭발 사건이 일어나 레이첼이 그 건물에 갇히게 되는 일이 발생하게 된다. 하지만 코난은 건축가인 리오 조 교수가 지미로 인해 도시계획이 무산된 것에 대해 앙심을 품고 저지른 일이란 것을 알아내는데..