Episode 21 : 네르프 탄생

후유츠키 교수가 카지에 납치된다. 미사토의 집에 네르프 첩보부원들이 들이닥치고 미사토는 그들에게 순순히 감금된다. 한편 납치된 부사령관은 제레 앞에 불려나가 심문을 받는다. 그때 그는 과거를 회상한다. 제레로부터 심문을 받고 감금된 후유츠키를 카지가 구하러 온다. 이 사건으로 카지는 누군가에게 살해당한다.

Episode 22 : 적어도 인간답게

4사도에게 저항한번 못한 아스카의 합체율은 점점 떨어진다. 싱크로율 테스트 중에도 어머니의 기억만 맴돌 뿐. 에바 1호기와 2호기의 수리가 끝날 무렵 제 15사도가 공격한다. 위성궤도에 머물면서 무언가를 기다리고 있는 듯한 사도에게 미사토는 0호기에게 초장거리용 라이플 요격을, 2호기에게 0호기 엄호를 명하지만 자존심이 상한 아스카는 먼저 출격했다 사도의 정신 공격을 받고 붕괴되어 버린다.

Episode 23 : 눈물

겐도 사령관이 제레에 출석하여 힐문을 당할 때 고리모양의 16사도가 등장하고 0호기와 생체융합을 시도한다. 0호기는 점점 사도에게 점령당하지만 아스카의 2호기는 싱크로율이 최저라 기동을 할 수 없게 된다.
초호기는 0호기의 구출을 위해 A.T.Field를 최대로 펼치지만 사도에게 공격을 당하고 레이는 신지를 위해서 0호기를 자폭시킨다. 그대로 사도와 함꼐 폭파되는 0호기와 함께 제 3 신도쿄시의 모든 건물들이 부서진다.
슬퍼하던 신지 일행에게 레이가 무사하다는 전화가 오고 신지는 레이에게 여러가지를 물어보지만 레이는 아무것도 모른다.

Episode 24 : 최후의 사도

신지는 파괴된 도시를 보며 친구가 없다는 것에 대해 외로움을 느낀다. 그런 그의 곁에 5번째 아이인 나기사 카오루가 나타난다. 처음 만나자마자 둘은 서로에게 깊은 관심을 보인다.
신지, 레이, 카오루의 싱크로율 테스트중에 처음 싱크로를 하는 카오루의 싱크로율은 놀랍도록 높다. 카오루와 신지는 함께 목욕을 한후 같이 잔다.
카오루는 드디어 자신의 목적을 달성하기 위해 에바 2호기를 조종한다. 화가난 신지는 초호기를 이끌고 나타나 2호기와 싸우게 된다.

Episode 25 : 끝나는 세상

Episode 26 : 세상을 중심으로 사랑을 외치는 짐승

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