Episode 17 : 네번째 적격자

사도에 의해 에바 1호기가 흡수당한 사건 이후, 사태의 심각성을 깨달은 제레는 신지를 불러 직접 심문하고자 하나 미사토가 이를 가로막는다. 토우지는 제 3 사도의 습격때 불구가 된 동생이 가망없다는 사실을 알게 된다.
한편 미국에 있는 네르프 제 2지부가 원인 모를 사고로 증발하고, 네르프에서는 지부가 다른 차원으로 사라진 것이라 추정한다. 이에 미국은 개발중이던 에바 3호기를 일본으로 보내기로 결정하고, 3호기 조종사는 새로 뽑기로 한다.

Episode 18 : 목숨을 건 선택

미국에서 일본으로 에바 3호기가 공수된다. 도중 검은 난기류 구름을 만난 수송기 조종사는 항로를 돌릴까 생각하다가 그대로 돌파하기로 한다. 하지만 수송기가 검구름 사이로 들어간 순간 번개가 구름을 에워싼다.
다음날 에바 3호기의 시험 가동. 에바는 오동작을 일으키고 엔트리 플러그는 빠지지 않는다. 리치코는 사도임을 직감하고 이때 시험장이 폭발한다.
다시 3호기는 네르프로 다가가고 이를 막기 위해 0호기와 초호기가 발진한다. 하지만 역부족인데...

Episode 19 : 남자의 싸움

겐도가 자신에게 토우지를 공격하게 했다는 사실에 분노한 신지는 에바를 떠나고, 이때 14사도가 등장한다. 14사도는 단 두번의 공격으로 방어선을 모두 뚫고, 출격한 2호기는 목이 잘린다. 한쪽 팔이 없는 상태로 무기 없이 출격한 0호기는 사도와 함께 자폭하지만 그것도 실패한다.
레이의 자폭하는 모습에 충격을 받은 신지는 에바를 타러 뛰어간다. 사도가 센트럴 도그마에 침입했을때 초호기가 등장하여 공격을 시작한다. 하지만 점차 교전 시간이 길어지고 에바의 에너지도 바닥나는데...

Episode 20 : 마음의 형태, 사람의 형태

구속구를 깨뜨린 에바 초호기는 철제붕대에 묶이는 신세가 된다. 한편 신지는 에바에 동화되어 LCL액에 완전히 녹아 엔트리 플러그에 있게 된다. 그것은 10년전 신지의 어머니 유이가 에바 실험도중 증발한 것과 동일한 상황이다. 한편 LCL액에 흡수된 신지는 자기의 정체성에 대한 끊임없는 의문으로 혼란 상태가 된다. 구출 작전 31일째, 작전은 통제 불능 상태로 빠지고 마는데...