Episode 13 : 사도 침입

네르프 본부에서 모의체와 시뮬레이션 플러그 테스트가 행해지고 있을때, 벽에 이상한 얼룩이 생긴다. 얼룩의 정체는 세균 크기의 사도. 그들은 마기를 해킹하고 네르프 본부의 자폭을 유도하려 한다. 리츠코는 캐스퍼를 통해 사도에게 자폭 촉진 프로그램을 거는 작전을 전개하여 사도를 퇴치한 후, 미사토에게 자신의 모친과 마기와의 관계를 이야기한다.

Episode 14 : 제레, 영혼의 자리

인류보완 위원회 특별 소집회의는 지금까지 일어난 사도와의 전투를 검증한다. 겐도는 본부에로의 사도 침입 때문에 추궁을 받지만 이를 단호히 부정한다. 한편, 실험장에서는 기체 상호 호환 실험이 실시되는 중. 레이와 초호기는 문제가 없었지만, 신지와 영호기 때는 에바로부터 정신오염이 발생. 폭주한 영호기는 레이가 있는 모니터실의 창을 후려갈긴다. 미사토는 그 일에 의혹을 품는다.

Episode 15 : 거짓말, 그리고 침묵

쿄토의 폐옥에서 수수께끼의 여자와 대화를 하는 카지. 그는 네르프를 내정하고 있었다. 다음날 신지는 겐도와 어머니의 묘를 찾고, 아스카는 데이트, 미사토는 리츠코, 카지와 함께 친구 결혼식에 간다. 돌아오는 길, 몹시 취한 미사토는 카지에게 죽은 아버지에 대한 마음을 털어놓는다. 그러나 다음날, 미사토는 터미널 도그마에서 카지의 스파이 활동을 목격한다. 카지는 미사토의 추궁을 받자 숨겨진 아담의 모습을 보여준다.

Episode 16 : 죽음에 이르는 병, 그리고...

에바와의 싱크로 테스트에서 신지가 최고치를 기록했다. 그 결과에 자신을 가진 그가 아스카는 재미없다. 그런 와중에 제 3 신도쿄시에 사도가 출현하고 초호기는 사도를 공격했다가 오히려 먹히고 만다. 신지는 사도의 내부에서 또 하나의 자신과 대면하고 괴로워한다. 생명 유지 모드가 한계에 다다랐을 때 신지는 어머니의 환상에 휩싸이고, 그 순간 에바가 사도를 찢고 탈출한다.

.