Episode 9 : 순간, 마음을 모아서

신지와 같은 제 1 중학교에 다니게 된 아스카는 순식간에 인기인이 된다. 그런 때, 다시 사도가 나타나고 초호기와 이호기는 사도에게 어이없이 패한다. 사도가 다시 나타나기 전에 작전을 세우려는 미사토. 신지와 아스카를 동거시키며 특훈을 시킨다. 서로 다투면서도 두 사람의 완벽한 콤비네이션은 사도를 쓰러뜨린다. 그러나 싸움이 끝난 후에도 둘의 말싸움은 이어지는 것이었다.

Episode 10 : 마그마 다이버

산의 화구에서 번데기상태의 사도가 발견되었다. 사도 포획작전을 수행하게 된 아스키는 D형 장비로 인형과 같은 모습이 된 2호기에 어이없어하면서도 화구내로 잠행한다. 무사히 사도를 포획했다고 생각했을때, 뜻밖에 사도 번데기가 우화하고 작전은 사도 섬멸로 변경된다. 마그마의 장애를 안고 어렵게 싸우던 아스키는, 신지와의 얘기 도중에 나왔던 열팽창 원리를 떠올려 사도를 격파한다.

Episode 11 : 정지된 암흑속에서

영호기 실험을 하고 있던 네르프본부가 갑작스럽게 정전된다. 그런 사태속에서 제 9 사도가 상륙하고, 신도쿄 시내에 있던 신지, 레이, 아스카는 사도의 내습를 알고 네르프 본부로 간다. 한편, 겐도 등은 수동으로 에바의 발진을 준비하고, 출동한 3대의 에바는 콤비네이션 작전으로 멋지게 사도를 섬멸한다.

Episode 12 : 기적의 가치는

미사토가 소령으로 승진하고 신지 일행은 축하파티를 연다. 그때, 위성궤도상에 이제껏 나타난 것 중 최대의 사도가 출현한다. 사도가 본체 그대로 네르프 본부에 낙하할 것이라 짐작한 미사토는 에바 3기로 사도를 받아내는 작전을 세우고 자리에 없던 겐도를 대신해 작전을 지휘한다. 상당히 위험했던 작전이 성공하고, 남극에 있던 겐도로부터 작전 수행을 칭찬받은 신지는 기뻐한다.

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